財務省が2026年11月の財政制度等審議会（財政審）などで「特定健診・特定保健指導は医療費の削減効果が薄い（費用対効果が見合わない）」と指摘し、支援の打ち切りを含めた見直しを提言した背景には、主に「投入コストと削減額の逆転（赤字）」「定量的なエビデンスの不足」「制度構造の限界」という3つの理由があると言われています。
1. 公費の投入額を医療費削減額が下回っている（費用対効果の問題）
最大の理由は、制度を維持するために使っている税金などのコストが、それによって減らせた医療費を上回っている点です。
- 公費投入額： 特定健診・特定保健指導に対する国の財政支援は2026年度予算で約175億円（関連予算を含めると約217億円）、市町村国保の地方負担分も含めると年間307億円にのぼります。
- 医療費削減の見込み： これに対し、厚生労働省の試算（医療費適正化計画）であっても、2029年度時点での医療費削減効果は年間約120億円の見込みにとどまっています。
年間300億円以上の公費を投じても120億円程度しか医療費が減らないため、財政の観点からは「毎年大幅な持ち出し（赤字）になっている」と厳しく評価されています。
2. 長期的な医療費抑制・健康改善の「定量的なエビデンス」が不十分
2008年度の制度開始から18年以上が経過していますが、「特定保健指導を受けたことで、本当に将来の心筋梗塞や脳卒中が減り、生涯医療費が下がったのか」を裏付ける厳密な定量的エビデンスが十分に示されていないと財務省は指摘しています。
- 指導を受けた直後は体重や腹囲が一時的に減っても、数年後にリバウンドしてしまうケースが少なくありません。
- 「健康意識の高い人が指導を受けやすい」というバイアスがあるため、指導そのものの純粋な効果による医療費抑制なのかを切り分けるのが難しいという学術的・統計的な課題も以前から議論されています。
3. 制度設計上の構造的な課題（受診率・実施率とターゲットのズレ）
現場の運用や対象者の選び方にも、効果が出にくい要因があるとされています。
- そもそも指導までたどり着かない： 特定健診の受診率は全体で約6割、さらにそこから「要指導」となった人が特定保健指導を完了する割合（実施率）は約3割弱にとどまっています。本当に生活習慣の改善が必要な無関心層ほど、健診や保健指導からこぼれ落ちやすい構造です。
- 「メタボ基準（腹囲）」への偏重： 現在の制度は「腹囲（男性85cm以上・女性90cm以上）」を必須条件として対象者を絞り込む仕組みです。そのため、内臓脂肪は少なくても高血圧や高血糖・脂質異常がある「非肥満のリスク保有者」が特定保健指導の対象から外れてしまい、効率的な重症化予防につながっていないという指摘もあります。
厚生労働省・現場側の反論と今後の論点
財務省は「医療費の適正化効果（金額）が見合わない以上、国からの補助金は打ち切り、保険者（健康保険組合や自治体）の自主的な取り組みに委ねるべき」というスタンスです。
これに対し、医療・公衆衛生の現場や厚生労働省側からは、「特定健診・保健指導は単なる医療費削減策ではなく、健康寿命の延伸や労働生産性の維持、重症化（人工透析など）の予防という数字に表れにくい価値がある」という反論も根強くあります。
今後は「一律に予算を配る仕組み」から、実際に検査数値が改善したかなどの「アウトカム（成果）評価」のさらなる厳格化や、非肥満のリスク層も含めた効率的な重症化予防へのシフトが議論の焦点となっていきます。
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